A kiéheztetett törökök 1686-ban szabadon vonultak ki a városból: a források szerint az ostrom végére mindössze "penészes köles" volt az egyetlen élelmiszer a város falain belül. Székesfehérvár elhanyagolt, romos állapotban volt. A város betelepítése közvetlenül a török kiűzése után megkezdődött. A Rákóczi szabadságharc kitöréséig főleg Ausztriából, Csehországból, Morvaországból, valamint Sziléziából és egyéb német területekről, továbbá Nyugat-Magyarország vármegyéiből érkező német polgárokkal telepítették be a várost. Ők honosították meg a város kézműves iparát, és teremtették meg a céhes ipart.

 

Buda 1686-ban történt visszafoglalását követően, Székesfehérvárt is hamarosan ostromzár alá fogták a császári csapatok. A hosszas blokád éhínséget eredményezett, s a kilátástalan helyzetben lévő törökök tárgyalásokat kezdtek a vár kapitulációjáról, május 19-én a török helyőrség végleg elhagyta Isztolni Belgrádot. A törökök kivonulását követően a város, mint újszerzeményi terület a katonai parancsnok, majd a budai kamara igazgatása alá került. A kamarai adminisztráció mellett a városparancsnok szerepe emelhető ki az első hónapokban, de tulajdonképpen hosszabb ideig fennmaradt a katonai és a kamarai igazgatás kettősége, amely számos konfliktust eredményezett.